מנהלת הפארק משותפת לשתי הרשויות: העיר בית שאן ולמועצה האזורית "עמק המעיינות".

המנהלת הינה גורם מוסמך לאישור כניסת מפעלים לפארק ובכפוף להמלצת וועדת אכלוס, שמורכבת מנציגי הרשויות. מנהל לאזורי פיתוח, משרד הכלכלה ורשות מקרקעי ישראל.

המנכ"ל והמנהלת יתמכו יסיעו וילוו את המפעלים בקבלת כל האישורים הנדרשים, במהלך הקמתם ובהמשך. כמו כן, המנהלת והמנכ"ל יפעילו את האתר באופן משותף ויתנו את כל השירותים הנדרשים.

היתרונות מהם ייהנו המשתכנים בפארק התעשייה צבאים:

• קירבה לגבול עם ירדן, מעבר הגבול "נהר הירדן" – 10 דקות נסיעה – 10 ק"מ מהפארק.
•  אזור עדיפות לאומי (אזור עדיפות א' קבוע)
• קרבה לתחנת הרכבת.
• מחירי פיתוח מסובסדים
•  ליווי ועזרת המנכ"ל והמנהלת לאורך כל מסלול האישורים עד תחילת בניה.
• שרותי שמירה ניקיון וגינון משותפים, כמו כן שירותים נוספים אשר תיווצר להם דרישה בעתיד.

שירותים הניתנים ע"י המנהלת

• המנהלת הנה הכתובת העיקרית לאספקת שירותים ציבוריים שניתנים בפארק :
• ליווי ביזם והשגת כל האישורים הנדרשים במשרדי הממשלה ובמנהל להקצאת מגרש/שטח – מסלול ירוק.
• ניקיון.
• שמירה (עפ"י הנדרש).
• פינוי אשפה.
• גינון, תחזוקה ותשתיות.

​